A Casa Santa Marta é composta por áreas funcionais que constituem a estrutura orgânica do edifício, entendendo-se por áreas funcionais o conjunto de compartimentos e espaços necessários para realizar determinadas funções específicas, devidamente articuladas entre si, por forma a possibilitar o bom funcionamento.
Este reúne todas as condições de acolhimento, tendo alas para mulheres, para homens e para casais, com salas de convívio, de estar, sala de reabilitação, capela, ginásio e todos os outros espaços necessários como refeitório, enfermaria, gabinete médico, cabeleireira, etc. No exterior, o edifício é rodeado por espaços amplos e ajardinados que possibilitam aos utentes passar algum do seu tempo a passear dentro da própria instituição.